据王昭耀专案组一位人士介绍，其实早在2003年11月，中纪委就已经掌握了王昭耀受贿犯罪的事实，并进行了外围调查。当时，王昭耀也有预感，并开始将钱财转移，还将一部分钱退还行贿人。退还主要涉及两个方面：一是行贿人的请托没有给办成的，或者行贿数额大，而请托的事情较小；二是行贿人可能使用公款行贿，或者可能使用赃款行贿的。因为这两个方面的行贿人容易出问题。王昭耀和妻子冯继英商量后，列了一个退还名单，让妻子、女儿等人出面，对10多名行贿人进行了退还。但退还是不彻底的，举个例子，就是“行贿人送了5万元，退还了两万元”。

　　“该来的还是来了。”主动退还受贿款也没有挡住中纪委对王昭耀的“双规”。2005年4月22日，安徽省委主要领导与王昭耀谈话，让其“离职休养，讲清问题”，话毕即被中纪委请到了“炮院”。位于合肥市内的中国人民解放军炮兵学院本部有一招待所，是中纪委的办案点，在合肥，甚至整个安徽，请到“炮院”是民间对“双规”的一种别称。此时，王昭耀刚刚由省委副书记转任省政协副主席不到3个月。

　　“其实，由省委副书记转任政协副主席，就是对王昭耀‘动手’的前兆。”这位专案组人士说，“按照常规，省委副书记到政协，不是主席，至少也是党组书记，官至正部级。当时，有关部门从安徽省的大局考虑，就先把王昭耀从省委副书记的位子上给拿下来，然后再立案查处，这样引起的震荡就会小些。”

　　据起诉书透露，王昭耀案发源于阜阳发生的腐败窝案。其中有一个人物比较关键，他就是安徽利源集团总裁贺文俊，一个“使阜阳政界动荡不安的人”。这位贺总裁，是一位行贿大户，原来是阜阳的一名个体户，靠卖食品起家，后来转向房地产。贺文俊看到不少人靠关系低价拿到地皮后一转手就大发横财，就找到时任安徽省委常委、副省长的王昭耀，行贿38万元，拿到了阜阳市中心120亩土地的使用权。

　　贺文俊不光向王昭耀行贿，还向王怀忠、肖作新(原阜阳市长)、刘家义(原阜阳中院院长)、刘广聚(原阜阳市人民银行行长)等多人行贿。因此，在关于这些官员的起诉书、判决书上，贺文俊的名字赫然醒目，但都是另案处理。

　　还有一名行贿人叫栗广龄，原涡阳县副县长，24次行贿王昭耀，共计32.5万元。行贿前，栗只是涡阳县店集乡一名副科级干部，行贿后先是升任乡长、镇长，后来当上了副县长。行贿的钱哪里来的？行贿买官，当官后靠受贿敛财，是买官卖官的一般规律。去年底，因检举立功，栗广龄被法院从轻判处有期徒刑三年、缓刑四年。

　　“检举省部级干部违法犯罪可以立功，减轻处罚。”一位参与查办阜阳窝案的检察官对记者说，“在查办阜阳窝案时发现，有些官员为了从轻或减轻处罚，往往会检举揭发更高级别的官员违法犯罪事实。结果，许多窝案又演变成了串案，案件纵横交错，你中有我，我中有你。”

　　这位检察官举例说，有“安徽第一贪”之称的原安徽双轮集团董事长、亳州市人大财经委主任刘俊卿，受贿196次，共计1700多万元，巨额财产来源不明1880多万元，被侦查机关扣押的财产达到了4000多万元。为了保命，刘俊卿一口气检举了25人涉嫌犯罪的事实，其中23件已被移交有关部门查处。今年9月6日，鉴于刘俊卿有检举立功等从轻情节，安徽宣城市中级法院一审判决刘俊卿死缓。

　　以下是宣城市中级法院审理刘俊卿案时，律师和刘俊卿的一段对话：

　　律师：“在你提供的线索中有没有省部级官员？”

　　刘俊卿：“有！”

　　“有没有厅局级官员？”

　　“有！”

　　“有没有县处级官员？”

　　“有！”

　　刘俊卿检举的省部级官员就是王昭耀。但在起诉书中，并没有指控王昭耀直接收受刘俊卿的贿赂，而是指控了王昭耀收受原阜阳市副市长王保民的贿赂，而王保民的贿赂款就是刘俊卿送的。这正应了那位检察官的话，行贿受贿，纵横交错，你中有我，我中有你。

　　据记者了解，中纪委“双规”时，已经掌握了王昭耀受贿165万元的犯罪事实。随着调查的深入，特别是扣押了王昭耀1728万元的财产后，王昭耀感觉只有坦白交代一条路了，于是犹如竹筒倒豆子，陆续交代了许多中纪委还没有掌握的受贿事实。据统计，704万元的受贿款中，有80%是王昭耀主动交代的。

　　用了不到4个月，中纪委的调查即告结束，因为涉嫌犯罪，将案件移送最高检察院，经最高检指定，案件由山东省检察院管辖。2005年9月14日，山东省检察院反贪局立案侦查，9月17日刑拘，29日逮捕。检察机关指控的犯罪数额和中纪委认定的数额，基本一致。